Deseori, nu este posibilă examinarea părţii centrale a intestinului subţire (jejun), cu ajutorul endoscopului. În astfel de cazuri, se va folosi capsula pentru biopsie. Pacientul înghite capsula, care este conectată la un tub subţire. Apoi, se va face o radiografie pentru a exista certitudinea că acea capsulă a ajuns în jejun. Când capsula este la locul potrivit, se va crea o presiune parţială prin tub, pentru extragerea, cu o seringă conectată la celălalt capăt al capsulei, a mostrei necesare. În acest fel, o bucată mică din mucoasa intestinului subţire este absorbită în capsulă. Tehnica este foarte utilă mai ales la bolnavii care suferă de boala celiacă.