În general, cele mai cunoscute manifestări ale intoleranței la gluten sau a bolii celiace, cum i se mai spune, sunt pierderea în greutate, diareea, distensia abdominală și durerea abdominală, voma, iar la copii, încetinirea creșterii. Alte simptome se pot manifesta în afara intestinului, precum anemia, osteoporoza, amenoreea și deficiența de vitamine sau minerale.

Anumite simptome provin de la patologii care sunt asociate cu această afecțiune. Spre exemplu, celiachia nu se prezintă, însă, întotdeauna în același mod; se manifestă în diferite forme clinice, iar acestea trebuie luate în considerare în etapa de diagnosticare.

Diferitele manifestări clinice ale celiachiei pot fi împărțite în clase tipice cu simptome marcate gastrointestinale și cele mai frecvente cazuri atipice, care sunt caracterizate prin simptome vagi, precum colita sau deficiența de fier care prezintă rezistență la terapia orală.