Foarte multă vreme ciocolata a fost considerată unul dintre factorii ce favorizează apariția acneei, chiar dacă dovezi clare în această privință nu există nici astăzi. Potrivit specialiștilor, aceasta apare atunci când glandele sebacee produc mai mult sebum decât este necesar, ducând la crearea unui blocaj la nivelul foliculului de păr. La pielea afectată de acnee se observă totodată și un ritm mai accelerat de înlocuire a celulelor moarte, de până la 4-5 ori mai rapid decât la o piele sănătoasă. Nu în ultimul rând, proliferarea bacteriei acneei, care se găsește în mod normal pe piele, este favorizată de aceste două condiții. Rezultatele obținute până acum în urma studiilor sunt însă contradictorii.

Un test clinic mai vechi nu a identificat niciun efect al consumului de ciocolată asupra pielii. La această concluzie au ajuns și alți dermatologi care au studiat rolul ciocolatei asupra acneei. Într-un astfel de studiu, participanții care prezentau acnee severă sau moderată au consumat fie ciocolată, fie un aliment placebo similar ciocolatei. Nicio diferență la nivelul evoluției acneei nu s-a observat după consumul celor două tipuri de alimente. Un alt studiu a arătat că ciocolata poate acționa asupra sistemului imunitar, stimulând apariția acneei. În urma acestuia s-a observat că sângele a produs mai mulți markeri ai inflamației, care împreună cu bacteriile fac dificilă menținerea curată a porilor. Un alt punct de vedere în această controversă este că ciocolata ar avea un rol indirect asupra apariției acneei, prin conținutul său de lapte și grăsimi.