Fructele de ienupăr sunt bogate în ulei volatil, dar conţin şi acizi organici, flavonoizi, pectine, răşini, taninuri şi substanţe glucidice. Ienupărul este, astfel, un antiseptic natural, care îşi găseşte utilitatea în infecţiile aparatului urinar şi în cele respiratorii. Tot ca antiseptic, este recomandat, cu aplicare topică, în acnee şi eczeme. Fructele consumate proaspete, dar şi tinctura de ienupăr au beneficii asupra digestiei. În plus, seminţele ajută la eliminarea calculilor renali şi eliminarea acidului uric, ameliorând, astfel, simptomele gutei. Totodată, acestea au efecte sedative, de calmare, când sunt mestecate ca atare, dar sunt utilizate în afecţiuni respiratorii, în calmarea tusei. Pe deasupra, tot în afecţiunile respiratorii, ienupărul este utilizat pentru eliminarea mucusului din bronşite, având efect expectorant, dar şi acţiune antireumatică, ajutând la prevenirea crampelor musculare, favorizând relaxarea musculaturii. În plus, contribuie la tonifierea ţesuturilor conjunctive.

Potrivit specialiştilor, cura cu boabe de ienupăr este recomandată în enterite, colite, ca adjuvant, dar şi în sindromul entero-renal. Dacă afecţiunile sunt asociate cu diaree, atunci boabele de ienupăr vor fi administrate, în paralel, cu răchitan şi/sau scoarţă de stejar, ambele sub formă de pulbere. În acelaşi timp, mestecate, boabele de ienupăr ameliorează tusea şi infecţiile de la nivelul gâtului. Cura cu boabe de ienupăr este recomandată, ca adjuvant, în tratarea infecţiilor virale de tipul HIV, meningoencefalita virală şi herpes.