Cistita este deseori confundată cu anexita, din cauza simptomelor asemănătoare. Spre deosebire de anexită, inflamație a organelor sexuale feminine, cistita este o inflamație a vezicii urinare. De fapt, este o inflamație a mucoasei din interiorul vezicii urinare, și, potrivit specialiştilor, femeile sunt mai predispuse să o facă. De cele mai multe ori, afecțiunea este provocată de o infecție bacteriană, care se declanșează atunci când bacteriile „vinovate” ajung în vezica urinară și o împiedică să își îndeplinească funcțiile. Aceste bacterii pătrund în organism prin uretră și provin, în general, din zona vaginală sau din intestine, cel mai frecvent diagnosticată prin urocultură fiind Escherichia Coli.

Escherichia coli este, de asemenea, cea mai frecventă cauză a cistitei complicate, dar spectrul de agenți microbieni care pot provoca o infecție urinară complicată este mult mai larg și include organisme precum Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Pseudomonas, enterococi, stafilococi și chiar ciuperci. O altă cauză frecventă este igiena precară, care permite bacteriilor din zona anală să ajungă în dreptul uretrei. De asemenea, litiaza urinară poate genera lezarea mucoasei uretrei sau vezicii și înmulțirea germenilor existenți în mod natural în vezică și căile urinare. Deshidratarea stă deseori la baza cistitei, fiindcă un consum mic de lichide împiedică eliminarea completă a bacteriilor din rinichi și vezică.